永州职业技术学院药学系目前开设有药学、中药学2个专业，招收高中起点三年制大专、初中起点五年制大专2个层次的学生。现有在校学生930余人。2017年，药学专业被评为“湖南省特色专业”。

药学系下设药品营销、药物制剂、药理学、中药学等4个教研室，以及教学办公室、学生管理办公室。现有专任教师23名，其中教授、副教授（副主任药师）6名，占26.1 %；具有博士、硕士学位教师17名，占73.9%；国家执业药师、执业中药师、执业医师15人，占65.2%；国家职业技能鉴定考评员8人；湖南省高校中青年骨干教师2人。有多名教师参与了医药公司GSP认证或药厂的GMP认证工作，具有丰富的实践教学经验。师资主要来源于中国药科大学、中南大学、暨南大学、首都医科大学、湖南中医药大学等国内知名高校。近年来，专任教师先后获得湖南省教学成果三等奖2项、市级科技进步奖多项，主持或参与省级及以上课题20余项，主编教材20余部，在省级以上杂志发表专业论文260余篇，其中，SCI文章4篇。

药学系建有1000余平方米的校内实验实训基地，拥有价值约500万的实验设备。在湖南省内外有22家医药公司、药厂、医院药房等校外实训基地，完全能够满足学生实习实训的需要。目前，药学系已与老百姓大药房、益丰大药房、养天和大药房、恒康大药房等多家知名企业联合办学，学生进校就可与企业签订就业协议，充分保障学生就业。学生在校学习期间，可享受企业提供的奖学金；在企业顶岗实习期间，由企业免费提供住宿和工作餐，还可享受每月1600~3000元不等的实习津贴。不少学生实习期间，就已成为店长助理、店长或片区经理。

近年来，药学系不断深化教育教学改革，创新人才培养模式，人才培养质量以及社会服务能力得到了显著提升。2015年以来，药学系学生先后获得省级以上各类竞赛奖励30余项。其中，获得国家级一等奖1项，国家级三等奖1项，省级特等奖1项，省级一等奖2项。毕业生的就业率、一次性就业对口率均达95%以上。